Grüße! Erstmal danke für den Beitrag, da freut sich der Autor =) Zu deiner Problematik fällt mir spontan das Thema "Nested Sets" ein. Mit diesem Prinzip können auch sehr komplexe Baumstrukturen in einer Datenbank abgelegt, ausgelesen und bearbeitet werden. Ein Artikel, welcher mir damals weiter half findest du unter http://www.klempert.de/nested_sets/artikel. Aber auch bei Google solltest du eine Menge darüber finden.
Weiterhin könnte auch das "Node" Prinzip des CMS Drupal ein paar gute Gedanken liefern. Jeder Eintrag der Seite (egal ob Artikel, Bild usw.) wird als Knoten in der Datenbank abgelegt. Mit Hilfe des im Core enthaltenem Moduls "Taxonomy" kann eine Baumstruktur/Kategorisierung erreicht werden.
Ich hoffe dir damit einen Wink in die richtige Richtung gegeben zu haben.

Gruß,
Benjamin